Buitenlands kantoor
Burton kwam nu als consul bij het Britse ministerie van Buitenlandse Zaken in Fernando Po, een Spaans eiland voor de kust van West-Afrika. Tijdens zijn drie jaar daar maakte hij vele korte ontdekkingsreizen naar West-Afrika, waarbij hij genoeg materiaal verzamelde om vijf boeken te vullen. Zijn expliciete beschrijvingen van tribale rituelen met betrekking tot geboorte, huwelijk en dood, evenals fetisjisme, rituele moord, kannibalisme en bizarre seksuele praktijken, hoewel bewonderd door moderne antropologen, wonnen hem geen gunst bij het ministerie van Buitenlandse Zaken, dat hem excentriek beschouwde, zo niet gevaarlijk.
Burton keerde in september 1864 met verlof terug naar Londen en werd uitgenodigd om met Speke te debatteren voor de British Association for the Advancement of Science. Van Speke, die met de Britse soldaat en ontdekkingsreiziger James Augustus Grant een gedenkwaardige reis van Zanzibar naar het Victoriameer en vervolgens over de hele Nijl had gemaakt, werd verwacht dat hij zijn overtuiging zou verdedigen dat het Victoriameer de echte bron van de Nijl was. Na de voorbereidende sessie op 15 september ging Speke op jacht en stierf op mysterieuze wijze als gevolg van een geweerwond in zijn borst. De jury van de lijkschouwer oordeelde dat de dood een ongeluk was, maar Burton dacht dat het zelfmoord was. Hij schreef angstig naar een vriend: 'De liefdadigheid zegt dat hij zichzelf heeft neergeschoten, de liefdadige zeggenschap dat ik hem heb doodgeschoten.'
Burton bracht de volgende vier jaar door als consul in Santos, Brazilië, waar hij een boek schreef over de hooglanden van Brazilië (1869) en Vikram and the Vampire, of Tales of Hindu Devilry (1870) vertaalde. Hij begon ook met het vertalen van de werken van de romantische Portugese dichter-ontdekkingsreiziger Luís de Camões, met wie hij een diep verwantschapsgevoel voelde. Toch hielp zijn werk hem niet om zijn toenemende afkeer van Brazilië te overwinnen. Hij ging drinken en tenslotte stuurde hij zijn toegewijde vrouw naar Londen om een betere baan voor hem te krijgen. Ze slaagde erin de minister van Buitenlandse Zaken over te halen om Burton-consul in Damascus te benoemen.
Terug in het Midden-Oosten, waar hij van hield, was Burton een tijdlang zeer succesvol als diplomaat; maar moslim intriges, gecompliceerd door de bekeringsdiscriminatie van zijn rooms-katholieke vrouw, resulteerden in zijn vernederende ontslag in augustus 1871. De details van deze gebeurtenis werden opgetekend door Isabel Burton in haar levendige, verdedigende Inner Life of Syria (1875).
