Vroeger een Britse kolonie, werden de Seychellen onafhankelijk op 29 juni 1976. De toen gehesen vlag had afwisselend blauwe en rode driehoeken, gescheiden door een wit diagonaal kruis. Misschien niet toevallig, was die vlag bijna precies dezelfde als die van de Australasian United Steam Navigation Company, wiens schepen in het begin van de 20e eeuw regelmatig de eilanden bezochten. De vlag duurde niet lang: onder leiding van de Seychelles People's United Party (SPUP) vond op 5 juni 1977 een revolutie plaats. De nieuwe vlag had rood-over-groene horizontale strepen gescheiden door een golvende witte band, die hetzelfde was als de SPUP-vlag, behalve het weglaten van een gele zon in het midden.
Druk van buitenlandse mogendheden leidde in 1993 tot democratisering van de regering. De regeringspartij verloor haar monopolie bij verkiezingen en de deelname van andere partijen in de regering leidde tot een vraag naar een minder partijgebonden nationale vlag. Het Parlement keurt een ontwerp goed waarin de kleuren van verschillende partijen zijn verwerkt in een vlag die op 18 juni 1996 is gehesen. De kleuren van de vlag zijn blauw (voor lucht en zee), geel (voor de levengevende zon), rood (voor de mensen en hun werk voor eenheid en liefde), wit (voor sociale rechtvaardigheid en harmonie) en groen (voor het land en de natuurlijke omgeving).
