Martin H. Rathke, (geboren 25 augustus 1793, Danzig, Pruisen [nu Gdańsk, Pol.] - stierf 3 september 1860, Königsberg [nu Kaliningrad, Rusland]), Duitse anatoom die voor het eerst de kieuwspleten en kieuwbogen beschreef in de embryo's van zoogdieren en vogels. Hij beschreef ook voor het eerst in 1839 de embryonale structuur, nu bekend als Rathke's buidel, waaruit de voorkwab van de hypofyse ontstaat.
Rathke beëindigde een 10-jarige medische praktijk in zijn geboorteplaats toen hij hoogleraar fysiologie werd aan de Universiteit van Dorpat en later (1835) hoogleraar zoölogie en anatomie in Königsberg. Een uitstekende embryoloog, Rathke dacht dat de kieuwbogen overblijfselen waren van voorouderlijke kieuwen, maar hij erkende ook hun betekenis in de latere ontwikkeling van de bijbehorende bloedvaten. Rathke deed ook baanbrekend onderzoek in de mariene zoölogie. Hij werd in 1855 verkozen tot fellow van de Royal Society.
