Derde binnenplaats
De overdekte poort van Felicity leidt naar de derde binnenplaats, of de binnenste binnenplaats, waar de privéwoning van de sultan en de binnenste paleisschool gevestigd waren. Alleen de sultan, leden van zijn familie, zijn bedienden en af en toe een goedgekeurde bezoeker konden binnenkomen. Bezoekers van de sultan konden niet verder dan de audiëntiezaal en er werd van hen verwacht dat ze strikte gebruiken volgden. Ze konden geen oogcontact maken of rechtstreeks met de sultan spreken, maar in plaats daarvan lieten ze hun hoofd zakken, keken hun ogen naar beneden en spraken ze met de vertaler van de sultan.
Voordat Murad III in de 16e eeuw zijn residentie naar de harem verplaatste, bevonden de appartementen van de sultan zich op de derde binnenplaats in het gebouw dat vaak de kamer van de heilige relikwieën wordt genoemd. De naam is afgeleid van zijn rol als opslagplaats voor islamitische relikwieën, waaronder de mantel, het zwaard en de boog van de profeet Mohammed, die allemaal werden verkregen toen Selim I de Mamlūk-dynastie in Egypte in 1517 veroverde en het kalifaat aan de Ottomanen doorgaf.
De slaapzalen van de koninklijke pagina's, die deel uitmaakten van een hiërarchie van dienaren van de sultan, bevinden zich ook op de derde binnenplaats. De meeste pagina's werden gerekruteerd als jongens uit de veroverde christelijke bevolking via het devşirme-systeem, waarbij jongens uit hun familie werden verwijderd als een vorm van belasting of eerbetoon. Na het ontvangen van nieuwe namen en bekering tot de islam, kregen de slimste jongens specifieke rollen toegewezen en kregen ze een grondige opleiding terwijl ze een loon verdienden. Ze volgden een meritocratie en konden hoge posities bekleden als grootvizier, maar veel mannen werden op hun 25ste vrijgelaten en trouwden met een haremmeisje of een dochter van de sultan. In de slaapzalen van de koninklijke pagina's zijn nu delen van de keizerlijke collecties ondergebracht. De portretten van de sultans bevinden zich bijvoorbeeld in de slaapzaal van de Privy Chamber en de keizerlijke garderobe bevindt zich in de slaapzaal van de campagnevoerders. Veel van de objecten in beide collecties tonen de vaardigheid van de ambachtslieden van het paleis, evenals veranderingen in technieken en mode. Kijkers kunnen de duidelijke verschuiving in kleding zien in de 19e eeuw, bijvoorbeeld door de kledingkast en de portretcollectie, toen het Europese militaire gewaad de kaftan van de sultan verving en de fez de tulband verving.
Een van de beroemdste collecties van het paleis is die van de keizerlijke juwelen, gehuisvest in het paviljoen van de veroveraar, ook op de derde binnenplaats. De holdings omvatten de zogenaamde Spoonmaker's Diamond, een van de grootste geslepen diamanten ter wereld, en de smaragdgroene Topkapı Dagger, het onderwerp van intrige in de kapperfilm Topkapi uit 1964. Net als de andere delen van de museumcollectie, getuigt de juwelencollectie tot de grote rijkdom van het Ottomaanse rijk.
Het centrum van de derde binnenplaats wordt ingenomen door de bibliotheek van Sultan Ahmed III, die net als veel van de gebouwen van het paleis is versierd met beschilderde tegels, glas-in-loodramen en luiken met parelmoer en ivoor inleg. De boekencollectie werd in de 20e eeuw geconsolideerd met andere paleisboeken en verhuisd naar de moskee van de Aghas, de grootste moskee in het paleis en aangrenzend. De collectie van het Topkapı-paleis bevat zeldzame manuscripten, geïllustreerde delen en vroege kopieën van de Koran, die allemaal onderzoekers in de leeszaal kunnen bekijken.
Vierde binnenplaats
De derde binnenplaats strekt zich uit tot de vierde binnenplaats, die voornamelijk bestaat uit terrastuinen en paviljoens. Het is de thuisbasis van de weelderig versierde besnijdeniskamer, het Bagdad-paviljoen en het Yerevan-paviljoen. Een van de meest opvallende bouwwerken van de vierde binnenplaats is de schilderachtige Iftar Pergola in verguld brons, waar sultans hun vasten zouden verbreken als de Ramadan in de zomer viel. Veel van de Ottomaanse sultans waren geïnteresseerd in bloemen en tuinieren, en de vierde binnentuinen zijn gevuld met tulpen, net zoals ze tijdens het Ottomaanse bewind zouden zijn geweest.
Harem
De harem was het woongedeelte van de familie van de sultan en was strikt verdeeld naar geslacht. In de 16e eeuw werd het ook de residentie van de sultan, toen Murad III er appartementen liet bouwen. Net als de rest van het paleis werd de harem voortdurend gerenoveerd en groeide naar behoefte. Het resultaat is een nogal mazelike lay-out en veel architectuurstijlen.
Om de harem te betreden of te verlaten, moesten de bewoners de geplaveide binnenplaats van de zwarte eunuchen passeren naar de hoofdingang, ook wel de koninklijke poort genoemd. Zwarte eunuchen bewaakten de harem en werden waarschijnlijk gekocht op slavenmarkten in veroverde landen en gecastreerd vóór de puberteit.Net als de koninklijke pagina's ontvingen eunuchen loon en volgden ze een meritocratie, maar in tegenstelling tot de pagina's werden er maar een paar eunuchen bevrijd. Zowel hun woonvertrekken als de schatkamer en de school van de prinsen omringden deze binnenplaats.
Voorbij de hoofdingang ligt de geplaveide binnenplaats van de koningin-moeder, de grootste en meest centrale binnenplaats van de harem. De koningin-moeder was het machtscentrum in de harem. Riep de valide sultan, zij was de belangrijkste gemalin wiens zoon was opgestegen naar de troon. Ze had ook grote invloed op de sultan, die elke ochtend in haar centraal gelegen appartementen zou stoppen om haar op de hoogte te houden van de staatszaken.
De appartementen van de sultan waren verbonden met die van de koningin-moeder via een witgemarmerde dubbele hamam, een Turks bad. De ene kant van de hamam was gereserveerd voor de sultan en de andere voor de vrouwen van de harem. De rest van de residentie van de sultan heeft een troonzaal en drie privekamers. De Privy Room van Murad III is het oudste en best bewaarde gebouw in de harem en is ontworpen door een van de beroemdste architecten van het Ottomaanse Rijk, Sinan. De koepelvormige ruimte is rijkelijk versierd met İznik-tegels en kalligrafie reciterende verzen uit de Koran. Een andere privekamer, de Fruitkamer genaamd, werd toegevoegd door Ahmed III en is ongebruikelijk ingericht met delicaat gelakte vruchten en bloemen.
De zonen, dochters, broers en zussen van de sultan woonden ook in de harem en bezetten een van de honderden kamers van de harem. De Tweelingpaviljoens waren bijvoorbeeld waarschijnlijk de woonvertrekken van de zonen van de sultan vanaf de 18e eeuw.
De harem had ook een verblijfsruimte voor vrouwelijke bedienden, concubines en opperhoofden van de sultan, en de kamers waren toegankelijk via de galerij van de concubines bij de hoofdingang. Veel van deze vrouwen kwamen als geschenk of aankoop van de slavenmarkt toen ze nog jonge meisjes waren, en net als de rest van de bedienden van het paleis volgden ze een meritocratie. Ze ondergingen dienstbare taken terwijl ze loon en opleiding ontvingen om ofwel een vrouw van een van de bladzijden of een bijvrouw van de sultan te worden. Als ze werd gekozen om een bijvrouw te worden, zou een jonge vrouw hogerop kunnen komen en betere huisvesting kunnen krijgen, vooral als ze de sultan een kind baarde. Als het kind een man was die de troon besteeg, zou de bijvrouw de krachtigste positie van de harem innemen als koningin-moeder. De meeste haremmeisjes werden echter op 16 of 17-jarige leeftijd vrijgelaten en na hun opleiding getrouwd.
