Op 1 juli 1823 riep Midden-Amerika zijn onafhankelijkheid uit na twee jaar onder Mexicaanse heerschappij en vormde de Verenigde Provincies van Midden-Amerika. In 1838 scheidde Honduras zich af van de Verenigde Provinciën, hoewel het de federatievlag bleef gebruiken, die dateerde van 1823. Burgeroorlogen en invasies uit het buitenland plaagden Honduras tussen 1840 en 1862. In de daaropvolgende vredesjaren werd aandacht besteed aan de juiste nationale symbolen. Op 16 februari 1866 werd besloten de blauw-wit-blauwe vlag van Midden-Amerika te behouden, maar met een opvallend nieuw centraal symbool. Het gekozen ontwerp bestond uit vijf blauwe sterren, symbolisch voor de vijf leden van de voormalige Midden-Amerikaanse federatie (Honduras, El Salvador, Nicaragua, Costa Rica en Guatemala). Aan dat ontwerp zou het nationale wapen worden toegevoegd toen de vlag werd gevlogen door een zeeoorlogsschip.
De Hondurese vlag werd minder dan een jaar nadat de Verenigde Staten hun nationale unie in een burgeroorlog hadden behouden, aangenomen. In hetzelfde tijdperk nam El Salvador een vlag aan met een patroon naar de Stars and Stripes, met de rode en blauwe kleuren omgedraaid. Het is mogelijk dat de door Honduras aangenomen sterren, samen met de drie strepen, een subtiele verwijzing vormden naar de vlag van de Verenigde Staten (waarin elke ster een verenigde staat betekent), met name in het licht van de voortdurende steun die een voorgestelde Midden-Amerikaanse federatie gevonden onder Hondurese intellectuelen en politici, althans in hun openbare verklaringen. Verschillende mislukte pogingen tot hereniging van de vijf landen werden eind 19e en begin 20e eeuw gedaan, telkens onder een horizontale blauw-wit-blauwe vlag. (Zie ook de vlaggeschiedenissen van El Salvador, Guatemala, Costa Rica en Nicaragua.)
