Johannes Cocceius, Duitse Johannes Koch of Coch, (geboren op 9 augustus 1603, Bremen [Duitsland] - 5 november 1669, Leiden, Ned.), Nederlandse theoloog van de gereformeerde kerk, bijbelgeleerde, productief schrijver en een leidende vertegenwoordiger van de verbondstheologie, een school van religieus denken die de verdichtingen tussen God en de mens benadrukt.
Opgeleid in bijbelse talen, werd Cocceius in 1630 benoemd tot hoogleraar bijbelse filologie aan het Gymnasium Illustre in Bremen. Zes jaar later accepteerde hij een aanbod om Hebreeuws les te geven aan de universiteit van Franeker, Nederland, en in 1650 verhuisde hij naar Leiden, waar hij les gaf tot aan zijn dood.
Bijbelse interpretatie vormt zowel het centrale thema van Cocceius 'vele geschriften als het startpunt van zijn systematische theologie. Zijn Summa doctrinae de foedere et testamento Dei (1648; "Comprehensive Treatise on the Doctrines of the Covenant and Testament of God") is gebaseerd op de opvatting dat de relatie tussen God en de mens, zowel vóór de val als erna, een verbond was. In het oorspronkelijke paradijs was er een werkverbond waardoor redding werd beloofd voor perfecte gehoorzaamheid. Nadat de zonde gehoorzaamheid voor de mens onmogelijk had gemaakt, werd het werkverbond "afgeschaft" door het verbond van genade, waardoor redding werd gegeven als een gratis geschenk van God. Dit genadige verbond is ontstaan uit een pact binnen de Drie-eenheid tussen de Vader en de Zoon en wordt gerealiseerd in een opeenvolging van historische stappen die uitmonden in het eeuwige koninkrijk van God. Het verbond van werken dat tot uiting komt in het geweten van de mensheid vormde een basis voor Cocceius 'theologische behandeling van de bredere sociale en politieke levensgebieden, terwijl het genadige verbond zijn interpretatie van veel oudtestamentische symbolen als prefiguraties van de nieuwtestamentische Christus toestond. Zo kon Cocceius de bijbelse vroomheid versterken en het idee van de heilsgeschiedenis, met inbegrip van een onkarakteristiek millennialisme, introduceren binnen de scholastieke gereformeerde theologie.
