Franciscus Gomarus, Engels Francis Gomar, Frans François Gomar, (geboren 30 januari 1563, Brugge, Vlaanderen [nu in België] - overleden 11 januari 1641, Groningen, Nederland), calvinistische theoloog en universiteitsprofessor wiens geschillen met zijn meer liberale collega Jacobus Arminius over de predestinatieleer leidde de hele Nederlands Hervormde Kerk tot controverse.
Gomarus was predikant van een Nederlands Hervormde kerk in Frankfurt am Main van 1587 tot 1593, toen de gemeente uiteenviel door anti-protestantse vervolging. In 1594 werd hij benoemd tot hoogleraar theologie aan de Universiteit van Leiden, waar hij leider werd van de tegenstanders van Arminius. Toen Arminius in 1603 bij de faculteit kwam, namen hun geschillen in intensiteit toe.
Gomarus debatteerde Arminius vóór de vergadering van de landgoederen (regionale overheidsinstanties) van Holland in 1608, en hij en vier volgelingen debatteerden vijf Arminianen (ook bekend als de remonstranten) in de vergadering in 1609. In hun geschillen hield Gomarus vast aan de strikte calvinistische visie dat degenen die tot redding waren gekozen, al vóór Adams val waren gekozen, maar Arminius stond de mogelijkheid toe dat elk individu potentieel tot de uitverkorenen behoorde. Later, professor in Saumur (Frankrijk) en in Groningen, nam Gomarus een leidende rol in de Synode van Dordrecht (Dordrecht) in 1618–16 als tegenstander van het arminianisme, dat op de synode werd veroordeeld.
