Het zegel van New Hampshire werd in 1784 na de Revolutionaire Oorlog aangenomen. Op 28 december 1792 werd door de wetgever een verordening aangenomen die regimenten in de staatsmilitie vereiste om de nationale vlag en regimentskleuren met het staatszegel te dragen. Er ging echter meer dan een eeuw voorbij voordat een staatsvlag voor algemene doeleinden werd aangenomen. De vlaggenwet van 1909 voorzag in een blauwe achtergrond met het staatszegel in het midden, omlijst door een lauwerkrans met negen sterren afgewisseld, wat de rang van New Hampshire aangeeft als de negende staat om de Amerikaanse grondwet te ratificeren.
Het zegel, dat in 1931 enigszins werd gewijzigd, toont het fregat Raleigh dat in Portsmouth wordt gebouwd. Hoewel het schip in 1776 werd gebouwd, laat het zegel vlaggen zien die pas in 1777 werden aangenomen.
