In de 20e eeuw werden de twee gebieden die uiteindelijk met elkaar verbonden waren in Papoea-Nieuw-Guinea beheerd door de Duitsers, Britten en Australiërs. De koloniale regeringen hadden geen officiële symbolen van lokale relevantie, hoewel een voorgesteld wapen voor Duits Nieuw-Guinea - dat nooit werd aangenomen vanwege de betrokkenheid van Duitsland bij de Eerste Wereldoorlog - een paradijsvogel bevatte. In 1962 nam een lokale vlag ook een paradijsvogel op. Dat originele ontwerp, gebruikt door een sportteam, was groen en had een naturalistische vogelweergave bij de takel. Later ontwikkelde het koloniale bestuur een verticale driekleur van blauw-geelgroen als mogelijke toekomstige nationale vlag. Het Zuiderkruis verscheen in de vorm van vijf witte sterren op de hijsstreep en een wit silhouet paradijsvogel was afgebeeld op de groene streep. De sterren deden denken aan die onder de Australische nationale vlag.
Eilandbewoners waren niet enthousiast over het voorstel, maar de regering ontving een conceptontwerp van een jonge student, Susan Karike, die brede steun kreeg. De paradijsvogel en het sterrenbeeld bleven behouden, hoewel de eerste geel was in plaats van wit. De vlagachtergrond is radicaal veranderd: er is gekozen voor twee kleuren, rood en zwart, omdat ze veel voorkomen in lokale kunst en kleding. De diagonale indeling gaf een beter evenwicht aan het ontwerp en maakte de vlag uniek. Het nationale parlement erkende de vlag op 11 maart 1971 en het gebruik ervan werd uitgebreid tot schepen geregistreerd in Papoea-Nieuw-Guinea toen het land op 16 september 1975 onafhankelijk werd.
