Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog (1861-1865) begonnen de Geconfedereerde Staten van Amerika op 5 maart 1861 hun eerste vlag, de Stars and Bars, te gebruiken. Na de eerste Battle of Bull Run, toen de overeenkomst tussen de Stars and Bars en de Union Stars and Stripes maakten het voor troepen moeilijk om vriend en vijand van elkaar te onderscheiden, Zuidelijke bevelhebbers smeekten om een nieuwe vlag. In november 1861 werden de eerste Confederate Battle Flags uitgegeven. Hoewel variaties op het Battle Flag-patroon talrijk en wijdverbreid waren, bevatte het meest voorkomende ontwerp, bekend als het 'Zuiderkruis', een blauwe saltire (diagonaal kruis), afgezet met wit, met 13 witte sterren - die de 11 staten van de Confederacy plus Missouri en Kentucky - op een rood veld. De Battle Flag was vierkant in plaats van rechthoekig, en de afmetingen varieerden afhankelijk van de tak van dienst, variërend van 48 inch (120 cm) breed voor de infanterie tot 30 inch (76 cm) breed voor cavalerie.
Het ontwerp van de Stars and Bars varieerde gedurende de volgende twee jaar. Op 1 mei 1863 nam de Confederatie haar eerste officiële nationale vlag aan, vaak de Stainless Banner genoemd. Dat ontwerp integreerde de Battle Flag als een kanton op een wit veld. In de loop van de tijd kreeg het ontwerp echter kritiek, omdat de weergave van een breed wit veld verkeerd kon worden geïnterpreteerd als een overgave. Een wijziging van dat ontwerp werd op 4 maart 1865, ongeveer een maand voor het einde van de oorlog, aangenomen. De zogenaamde Blood Stained Banner voegde een verticale rode streep toe aan het ontwerp uit 1863.
Na de oorlog zou de Confederate Battle Flag blijven bestaan als het meest herkenbare symbool van de Confederate States of America. De staatsvlag van Mississippi integreerde de Battle Flag als zijn kanton, terwijl de vlag van Georgia in zijn verschillende permutaties elementen van zowel de Battle Flag als de Stars and Bars omvatte. Te beginnen in de tweede helft van de 20e eeuw, veel groepen in het Zuiden uitgedaagd de praktijk van het voeren van de Confederate Battle Flag op openbare gebouwen, waaronder enkele staatshoofdsteden. Voorstanders van de traditie voerden aan dat de vlag herinnerde aan het zuidelijke erfgoed en het offer in oorlogstijd, terwijl tegenstanders hem zagen als een symbool van racisme en slavernij, ongepast voor officiële vertoning.
