Bosnië, met zijn gemengde etnische bevolking, heeft nooit eigen onderscheidende nationale symbolen ontwikkeld. Onder het communistisch geleide Joegoslavië van 1946 tot 1991-1992 gebruikte de Socialistische Republiek Bosnië en Herzegovina bijvoorbeeld eenvoudig een rode vlag met een kleine versie van de Joegoslavische nationale vlag in het kanton. Op het moment dat de onafhankelijkheid werd uitgeroepen op 3 maart 1992, bestond er geen vlag die acceptabel was voor de Bosniërs, Serviërs en Kroaten van het land. De door Bosnië gedomineerde regering heeft daarom aangenomen dat ze van verre hoop een neutraal symbool zou zijn. Het koos het wapen van koning Stjepan Tomaš (regeerde 1443–1461), dat het toeschreef aan de grootste middeleeuwse Bosnische heerser, Tvrtko I (1377–91). Dat blauwe schild met een witte diagonale streep tussen zes gouden fleurs-de-lis werd in het midden van een witte vlag geplaatst. De artistieke vertolking, officieel goedgekeurd op 4 mei 1992, is gemaakt door Zvonimir Bebek.
Deze vlag werd door veel Kroaten en Serviërs verworpen toen de natie in een burgeroorlog terechtkwam. Vredesakkoorden ondertekend in Dayton, Ohio, VS eind 1995 erkenden de verdeling van het land tussen de Servische Republiek en de Federatie van Bosnië en Herzegovina, vaak de Kroatisch-Moslimfederatie genoemd. Elke staat had zijn eigen symbolen en de Kroaten bleven de Kroatische vlag gebruiken in plaats van de federatievlag, maar de vlag van de republiek van 1992 werd internationaal nog steeds erkend.
In de akkoorden van 1995 werd aangedrongen op de uiteindelijke creatie van een vlag ter vervanging van het model uit 1992, maar de nationale wetgever had in dit opzicht geen effect. Zo vestigden de Verenigde Naties een nieuwe vlag (4 februari 1998) die niet symbolisch kon worden gekoppeld aan een enkele etnische, religieuze of politieke groep.
