Het Concilie van Trente.
In mei 1536 publiceerde paus Paulus een convocatiestier voor zijn voorgestelde concilie in Mantua. Ook gaf hij een selecte groep kardinalen toestemming om een rapport op te stellen over de misstanden binnen de kerk. Onder leiding van kardinaal Gasparo Contarini hekelde deze groep de wijding van slecht voorbereide priesters, de selectie van incompetente bisschoppen, de opeenstapeling van weldaden en de decadentie van de religieuze ordes, de prediking en de zorg voor zielen. Het rapport viel echter in protestantse handen en werd door Luther gebruikt bij een gewelddadige aanval op de Roomse Kerk en het pausdom. Desalniettemin zette de paus zijn plannen voort om de raad, gepland om op 23 mei 1537 te Mantua te houden, te houden. Met oneindig geduld probeerde Paulus de oppositie van keizer, koningen, prelaten en prinsen te overwinnen, waarbij hij de opening van het concilie in de loop van negen jaar telkens opnieuw uitstelde en uitstelde, maar er uiteindelijk in slaagde het door zijn gezant, kardinaal Giovanni del, te laten inwijden. Monte, in Trent op 13 december 1545.
Uit respect voor het protest van de protestanten drong de keizer erop aan dat het concilie zich voornamelijk zou beperken tot discipline en hervorming. Desalniettemin had het besluit van de paus dat leerstellige zaken voorrang kregen, en in zijn vroege zittingen hamerde het Concilie van Trente decreten uit over de canon van de Schrift, de erfzonde, de rechtvaardiging en de sacramenten, evenals over hervormingen. Angst voor de pest en de dreiging van een aanval door gewapende protestantse troepen brachten de paus ertoe de overplaatsing van de raad naar Bologna in februari 1548 te aanvaarden. Maar de keizer verbood de Spaanse en Duitse prelaten naar Bologna te gaan en de paus moest de raad schorsen. op 17 september 1549. Desalniettemin had deze eerste fase van het Concilie van Trente een substantiële stap voorwaarts bereikt, wat leidde tot een grondige hervorming van het onderwijs en de discipline van de kerk.
Tijdens zijn pontificaat bezocht paus Paulus regelmatig de moeilijkheden in de pauselijke staten en daarbuiten. Hij was in Civitavecchia in 1535 en 1537; Lucca en Piacenza bezocht op weg naar Nice in 1538; verscheen in Perugia om de stad te pacificeren nadat zijn troepen de macht van de familie Colonna in 1540 hadden verbroken; en in 1543 bezocht hij Bologna op weg naar Busseto om de keizer te ontmoeten.
