Michael Haydn, voluit Johann Michael Haydn, (gedoopt 14 september 1737, Rohrau, Oostenrijk - overleden 10 augustus 1806, Salzburg), een van de meest bekwame componisten van kerkmuziek in de late 18e eeuw. Hij was de jongere broer van Joseph Haydn.
Net als zijn broer werd Michael Haydn koorknaap in de Stephansdom in Wenen en ontving daar zijn vroege muzikale instructie. Hij werd ontslagen uit de koorschool toen zijn stem brak en hij verdiende toen een precair bestaan als freelance muzikant. In 1757 werd hij kapelmeester van de bisschop van Grosswardein in Hongarije (nu Oradea, Rom.), En in 1762 werd hij concertmeester van de aartsbisschop van Salzburg. Hij verbleef de rest van zijn leven in Salzburg als concertmeester en volgde Wolfgang Amadeus Mozart op als kathedraalorganist in 1781.
Michael Haydn werd tijdens zijn leven beschouwd als een betere componist van kerkmuziek dan zijn broer. Van de vele massa's die hij schreef, is Missa a due cori (ook bekend als Missa Hispanica; 1786) een uitstekend werk voor orkest- en vocale solisten, en zijn Requiem van 1771 beïnvloedde Mozarts eigen beroemde Requiem van 1791. Haydn schreef ook talloze symfonieën, divertimenti, en andere seculiere composities. Hij was een intieme vriend van Mozart (die zijn viool-altvioolduo's schreef om een opdracht te vervullen die Haydn te ziek was om te voltooien) en was een leraar van Carl Maria von Weber. Na zijn dood werd Haydns reputatie lang verduisterd en pas na de Tweede Wereldoorlog werd zijn verdienste opnieuw erkend.
