Voordat Kosovo op 17 februari 2008 onafhankelijk werd, had het nooit de politieke status gehad waardoor het een eigen vlag mocht dragen. Na de Tweede Wereldoorlog werd Kosovo opgenomen in het socialistische Joegoslavië als een autonome regio (later autonome provincie) van de republiek Servië. De federale regering heeft alleen vlaggen toegestaan voor de verschillende Joegoslavische deelrepublieken. Echter, etnische Albanezen die in Kosovo woonden, mochten uiteindelijk de Albanese vlag voeren.
Kosovo bleef deel uitmaken van Servië na de ontbinding van het socialistische Joegoslavië in de vroege jaren negentig, maar een separatistische beweging in de provincie won het decennium aan kracht. In 1998 ondernam Servië strafmaatregelen tegen separatisten in Kosovo, die in 1999 werd tegengegaan door de Noord-Atlantische Verdragsorganisatie (NAVO). Kosovo werd onder het bestuur van de Verenigde Naties geplaatst, dat daar bleef na de onafhankelijkheidsverklaring van Kosovo in 2008, totdat het in 2009 grotendeels werd vervangen door ambtenaren van de Europese Unie (EU). Servië en een groot aantal andere landen bleven tegen die onafhankelijkheidsverklaring.
Er werd een formele wedstrijd uitgeschreven om een nationale vlag voor Kosovo te selecteren. Een groot deel van de inzendingen was gebaseerd op het ontwerp van de Albanese vlag, direct of indirect. Het gekozen patroon - beïnvloed door de EU-vlag - legde een duidelijke verklaring af waarin Kosovo als een multi-etnisch land werd benadrukt. De blauwe en gele kleuren van de EU-vlag werden respectievelijk gebruikt voor de achtergrond en het silhouet van de vlag van het nationale grondgebied, en de cirkel van witte sterren van de EU-vlag liep parallel aan de boog van witte sterren op de vlag van Kosovo. De sterren zouden staan voor de zes overheersende etnische groepen van het land (Albanezen, Bosniërs, Gorani, Roma, Serviërs en Turken). Etnische Albanese en Servische inwoners van Kosovo bleven echter gebruik maken van hun respectieve nationale vlaggen.
