De Afrikaanse Partij voor de Onafhankelijkheid van Guinee en Kaapverdië (PAIGC) vond in die Portugese koloniën steun voor haar boodschap van sociale en economische vooruitgang door politieke revolutie. In 1961 nam het een vlag aan die enigszins leek op die van de aangrenzende onafhankelijke landen Guinee en Ghana, die toen een toekomstige federatie van West-Afrikaanse landen bespraken. Aan hun pan-Afrikaanse rood-geel-groene voegde de bevrijdingsbeweging voor Guinee-Bissau een zwarte ster toe aan de hijsstreep. Die streep en ster kwamen geografisch overeen met het westelijke kustgebied met zijn hoofdstad, Bissau (waar de nationale naam van is afgeleid). De horizontale strepen in het resterende deel van de vlag en hun gele en groene kleuren kwamen ruwweg overeen met de savannes in het noorden en de bossen in het zuiden.
Officieel zou de zwarte ster een symbool zijn van PAIGC-leiderschap, de kleur verwijst naar het Afrikaanse volk en hun vastberadenheid om in waardigheid, vrijheid en vrede te leven. Geel werd geïnterpreteerd als een symbool van oogst en de vruchten van werk, zowel in de landbouw als anderszins. Green herinnerde zich de uitgestrekte oerwouden en de landbouwgronden, die de overgrote meerderheid van de burgers van levensonderhoud voorzagen. De partijvlag bevatte ook de initialen PAIGC, weggelaten bij het uitroepen van de onafhankelijkheid op 24 september 1973. Portugal erkende Guinee-Bissau of zijn vlag pas na zijn eigen revolutie in 1974; toch stond een groot deel van Guinee-Bissau al onder controle van de PAIGC en haar vlag. Kaapverdië verliet uiteindelijk de marxistische politiek van de PAIGC en veranderde de nationale vlag, maar Guinee-Bissau behoudt het oorspronkelijke ontwerp.
