Classificatie door "natuurlijke karakters"
Linnaeus beschouwde het seksuele systeem niet als zijn belangrijkste bijdrage aan de "hervorming van de plantkunde" waarnaar hij streefde. Zijn belangrijkste bijdrage kwam in de vorm van een boekje, Fundamenta Botanica (1736; "The Foundations of Botany"), waarin de principes en regels werden uiteengezet die moesten worden gevolgd bij het classificeren en benoemen van planten.
In 1735 ontmoette Linnaeus Boerhaave, die Linnaeus voorstelde aan George Clifford, een lokale Engelse koopman en bankier die nauwe banden had met de Verenigde Oost-Indische Compagnie. Onder de indruk van de kennis van Linnaeus bood Clifford Linnaeus een positie aan als curator van zijn botanische tuin. Linnaeus accepteerde de positie en maakte van de gelegenheid gebruik om bepaalde hoofdstukken van Fundamenta Botanica uit te breiden in afzonderlijke publicaties: Bibliotheca Botanica (1736; "The Library of Botany"); Critica Botanica (1737; "A Critique of Botany"), over botanische nomenclatuur; en klassen Plantarum (1738; "klassen van planten"). Het theoretische raamwerk dat in deze boeken is neergelegd, paste hij toe in twee verdere publicaties: Hortus Cliffortianus (1737), een catalogus van de soorten in de collectie van Clifford; en Genera Plantarum (1737; "Genera of Plants"), die de definities van plantengeslachten die voor het eerst door Tournefort werden aangeboden, wijzigde en bijwerkte.
Genera Plantarum werd door Linnaeus beschouwd als zijn bekronende taxonomische prestatie. In tegenstelling tot eerdere pogingen van andere botanici tot generieke definitie, die voortkwamen uit een reeks willekeurige indelingen, presenteerde Genera Plantarum een systeem dat was gebaseerd op wat Linnaeus de 'natuurlijke karakters' van geslachten noemde - morfologische beschrijvingen van alle delen van bloemen en vruchten. In tegenstelling tot systemen op basis van willekeurige scheidslijnen (inclusief zijn eigen seksuele systeem), zou een systeem op basis van natuurlijke karakters het groeiende aantal nieuwe soorten - vaak met verschillende morfologische kenmerken - die Europa binnenstromen vanuit zijn overzeese handelsposten en koloniën, kunnen opvangen.
Het onderscheid tussen Linnaeus tussen kunstmatige en natuurlijke classificaties van organismen, riep echter de vraag op naar het mechanisme waardoor organismen in natuurlijke hiërarchieën konden vallen. Hij kon deze vraag alleen beantwoorden met betrekking tot soorten: soorten waren volgens Linnaeus qua vorm vergelijkbaar omdat ze waren afgeleid van hetzelfde ouderpaar dat God aan het begin van de wereld had geschapen. Veel van zijn tijdgenoten deelden een soortgelijk concept. Een van die opmerkelijke personages was de Franse natuuronderzoeker Georges-Louis Leclerc de Buffon, die op dat moment betrokken was bij een soortgelijk allesomvattend natuurhistorisch project - hoewel Buffon twijfelde aan het bestaan van natuurlijke geslachten, orden of klassen. Linnaeus probeerde het bestaan van deze divisies te verklaren binnen de context van hybridisatie; de kwestie van natuurlijke hiërarchieën zou echter geen bevredigend antwoord krijgen totdat de Engelse natuuronderzoeker Charles Darwin in zijn Origin of Species (1859) de overeenkomst door gemeenschappelijke afkomst verklaarde.
