Roderick MacKinnon, (geboren 19 februari 1956, Burlington, Massachusetts, VS), Amerikaanse arts, ontvanger van de Nobelprijs voor chemie in 2003 voor zijn baanbrekend onderzoek naar ionkanalen in celmembranen. Hij deelde de prijs met Peter Agre, ook uit de Verenigde Staten.
MacKinnon behaalde een MD-graad aan de Tufts University School of Medicine in 1982. Na een aantal jaren geneeskunde te hebben beoefend, wendde hij zich tot basisonderzoek, beginnend in 1986 met postdoctoraal werk aan ionenkanalen aan de Brandeis University. In 1989 ging hij naar de Harvard University en in 1996 verhuisde hij naar de Rockefeller University als professor en laboratoriumhoofd. Een jaar later werd hij benoemd tot onderzoeker bij het Howard Hughes Medical Institute van Rockefeller.
Van bijzonder belang voor het zenuwstelsel en het hart zijn ionenkanalen gespecialiseerde openingen in celmembranen waardoor ionen, zoals kalium en natrium, gemakkelijk in en uit cellen kunnen stromen; soortgelijke structuren bestaan ook voor de doorgang van water. Het baanbrekende werk van MacKinnon was gericht op 'filters' in kanalen die één type ion passeerden en andere blokkeerden. Om te begrijpen hoe deze filters werken, bekwam hij scherpere beelden van kanalen met behulp van röntgendiffractie. In 1998 bepaalde hij de driedimensionale moleculaire structuur van een ionenkanaal. Het kanaal, ontdekte MacKinnon, heeft een zodanige architectuur dat kaliumionen - maar geen natriumionen - gemakkelijk van hun bijbehorende watermoleculen worden verwijderd en er doorheen kunnen glijden. Hij vond ook een moleculaire 'sensor' aan het einde van het kanaal die zich het dichtst bij het binnenste van de cel bevond en die reageert op de omstandigheden rond de cel en signalen uitzendt die het kanaal op de juiste momenten openen en sluiten. Zijn baanbrekende werk stelde wetenschappers in staat de ontwikkeling van geneesmiddelen voor ziekten voort te zetten waarin ionenkanalen een rol spelen.
