Kootenay River, ook wel gespeld als Kootenai, stroomt in het westen van Noord-Amerika en stijgt in de Rocky Mountains ten westen van Banff, Alta., Can. Het stroomt zuidwaarts door Kootenay National Park in British Columbia, Can., En breekt uit de Rockies om over het algemeen naar het zuiden te stromen in de Rocky Mountain-geul. Het zwaait zuidwaarts naar Montana, VS, in een brede U-vormige lus en vervolgens noordwaarts naar Idaho en terug naar Canada voordat het zich uitbreidt naar het lange, smalle Kootenay-meer in British Columbia; van de westelijke arm van het meer mondt het uit in de Columbia-rivier bij Castlegar.
Ongeveer 130 mijl (210 km) van de 485 mijl (780 kilometer) lengte van de rivier ligt in de Verenigde Staten. De Kootenay daalt 111 meter in de 40 kilometer tussen Kootenay Lake en de Columbia River. In deze sectie leveren verschillende dammen stroom aan de smelter en raffinaderij van onedel metaal in Trail, BC. De rivier is bevaarbaar van Bonners Ferry, Idaho, naar Nelson, BC.
De Kootenay, in 1807 verkend door de Britse bonthandelaar David Thompson en ooit de Flat Bow genoemd, ontleent zijn naam aan een Indiaas woord dat 'watermensen' betekent.
