John Knowles Paine, (geboren op 9 januari 1839, Portland, Maine, VS - stierf op 25 april 1906, Cambridge, Massachusetts), componist en organist, de eerste Amerikaan die brede erkenning kreeg als componist en de eerste professor in muziek op een Amerikaanse universiteit.
Na een grondige muzikale basis in Portland, voltooide Paine zijn studie in Berlijn (1858–1861). In 1861 initieerde hij een reeks orgelrecitals en lezingen in Boston die leidde tot zijn benoeming in 1862 als docent (later professor) muziek aan de Harvard University. De muziekafdeling die hij daar organiseerde, werd een model voor die van vele andere Amerikaanse universiteiten.
Zowel als docent als componist was hij van grote invloed op de ontwikkeling van muziek in de Verenigde Staten. Zijn werken, doorgaans gemodelleerd naar de Duitse klassiekers, omvatten twee symfonieën, een Mis in D (1866–1867) en het oratorium St. Peter (1872).
