Toen de Sovjets aan de macht kwamen in West-Turkestan, wat gelijkheid en ontwikkeling beloofde voor alle etnische groepen, verkreeg het Kirgizische volk in 1924 hun eigen autonome regio. In 1926 werd het tot een autonome republiek verheven en in 1936 werd het een vakbond republiek binnen de USSR In 1953 nam de Kirgiz SSR een gewijzigde versie van de Sovjet Rode Vlag aan door een wit omrande blauwe horizontale streep door het midden toe te voegen. Nadat Kirgizië op 31 augustus 1991 zijn onafhankelijkheid had uitgeroepen, bleef het zijn Sovjetvlag gebruiken tot 3 maart 1992.
De achtergrond van de nieuwe vlag, die nog steeds wordt gebruikt, is ook rood, maar deze zou afkomstig zijn van een vlag van de Kirgizische nationale held, Manas the Noble. In het midden van de vlag staat een gele zon met 40 stralen, overeenkomend met de volgelingen van Manas en de stammen die hij verenigde; de verdere symbolische kenmerken zijn licht, adel en eeuwigheid. Op die zon staat een rood-geel embleem met twee gekruiste sets van elk drie lijnen, allemaal binnen een ring. Dit is een gestileerde weergave van het dak van het traditionele Kirgizische huis, de yurt. Er zijn maar weinig Kirgiziërs die nog in yurts leven, maar tot het midden van de 20e eeuw zette een meerderheid van dit nomadische volk yurts op, waar ze ook reisden. De symbolische betekenis van dit ontwerp is uitgebreid: de vlaggenwet spreekt over de oorsprong van het leven, de eenheid van tijd en ruimte, de geschiedenis van het Kirgizische volk, solidariteit en haard en thuis.
