Werk in de filosofie
Het pragmatisme van Peirce werd voor het eerst uitgewerkt in een reeks 'Illustraties van de logica van de wetenschap' in de Popular Science Monthly in 1877–78. De wetenschappelijke methode was volgens hem een van de vele manieren om overtuigingen vast te stellen. Overtuigingen zijn in wezen actiegewoonten. Het is kenmerkend voor de wetenschappelijke methode dat het haar ideeën duidelijk maakt in termen van eerst de zinnige effecten van hun objecten, en ten tweede van gewoonten van actie aangepast aan die effecten. Hier is bijvoorbeeld hoe de mineralogist het idee van hardheid duidelijk maakt: het verstandige effect van x dat harder is dan y is dat x y zal krassen en er niet door zal worden bekrast; en geloven dat x moeilijker is dan y betekent gewoonlijk x gebruiken om y te krassen (zoals bij het verdelen van een glasplaat) en x weg te houden van y wanneer y krasvrij moet blijven. Op dezelfde manier probeerde Peirce gelijke helderheid te geven aan het veel complexere, moeilijkere en belangrijke idee van waarschijnlijkheid. In zijn Harvard-lezingen van 1903 identificeerde hij pragmatisme nauwer met de logica van ontvoering. Zelfs zijn evolutionaire metafysica van 1891–1893 was een werkhypothese van hogere orde waardoor de speciale wetenschappen zouden kunnen worden geleid bij het vormen van hun hypothesen van lagere orde; zijn meer metafysische geschriften, met hun nadruk op toeval en continuïteit, waren dus slechts verdere illustraties van de logica van de wetenschap.
Toen pragmatisme in de vroege jaren 1900 een populaire beweging werd, was Peirce niet tevreden met zowel alle vormen van pragmatisme als toen en met zijn eigen originele expositie ervan, en zijn laatste productieve jaren waren grotendeels gewijd aan de radicale herziening en systematische voltooiing ervan en tot het bewijs van het principe van wat hij toen 'pragmatiek' was gaan noemen.
Zijn 'enige bijdrage aan de filosofie', meende hij, was zijn 'nieuwe lijst van categorieën' die analoog was aan Kant's a priori vormen van begrip, die hij terugbracht van 12 naar 3: Kwaliteit, Relatie en Vertegenwoordiging. In latere geschriften noemde hij ze soms Kwaliteit, Reactie en Bemiddeling; en ten slotte: eerste, tweede en derde. Aanvankelijk noemde hij ze concepten; later, onherleidbare elementen van concepten - de eenwaardige, tweewaardige en driewaardige elementen. Ze verschijnen in die volgorde bijvoorbeeld in zijn indeling van de modaliteiten in mogelijkheid, actualiteit en noodzaak; in zijn verdeling van tekens in pictogrammen, indexen en symbolen; in de verdeling van symbolen in termen, stellingen en argumenten; en in zijn verdeling van argumenten in ontvoeringen, inducties en aftrekkingen. De belangrijkste functie van de nieuwe lijst was om deze laatste divisie systematisch te ondersteunen.
Peirce was tweemaal getrouwd: eerst in 1862 met Harriet Melusina Fay, die hem in 1876 verliet, en vervolgens in 1883 met Juliette Pourtalai (née Froissy). Er waren geen kinderen van beide huwelijken. De laatste 26 jaar van zijn leven woonden hij en Juliette op een boerderij aan de Delaware-rivier bij Milford, Pennsylvania. Hij noemde zichzelf een landelijke logicus, een kluizenaar omwille van de logica. Hij leefde zijn laatste jaren in ernstige ziekte en in bittere armoede, alleen verlicht door hulp van vrienden als William James.