In de jaren 80 en 90 onderging de Sixtijnse Kapel een lang en uitgebreid restauratieschema dat werd gesponsord door een Japans televisiebedrijf en werd uitgevoerd door Italiaanse en internationale topexperts. De reiniging verwijderde eeuwenlang vuil, stof en kaarsrook van de fresco's en onthulde onverwacht schitterende kleuren die gedeeltelijk de beroemde sculpturale kwaliteiten van Michelangelo's meesterwerk tegenspreken. Vanaf het begin omringde het project een felle controverse - waarbij tientallen restaurateurs, kunsthistorici en experts op aanverwante gebieden betrokken waren. Het debat concentreerde zich op één groot probleem: had Michelangelo, op de manier van de fresco-schilders van die tijd, zijn voltooide fresco aangepast met secco (droge) verf nadat het gips was opgedroogd? (Fresco-schilders deden dit gewoonlijk om fouten te corrigeren, hun werken te verfijnen en pigmenten aan te brengen die contact met water niet konden verdragen.) En zo ja, had de restauratie van elke laag tot aan het beschilderde pleister de bedoelingen van de kunstenaar vervalst ? In dit geval lijken de door restaurateurs verwijderde schaduwen, correcties en lijmen het resultaat te zijn geweest van eerdere herstelcampagnes. Hoewel de controverse over de restauratie van de Sixtijnse Kapel soms nog steeds wordt besproken, vinden kunstconservatoren het niet langer een probleem.
