Polychaete-hypothese, theorie dat conodonten (minuscule tandachtige structuren gevonden als fossielen in mariene gesteenten) delen zijn van het kaakapparaat van polychaete wormen, een klasse van de ringvormige of gesegmenteerde wormen. Conodonts lijken qua vorm op de kaken (scolecodonts) van polychaete-wormen, en ze zijn te vinden in linker- en rechterparen, net als scolecodonts. Polychaete-tanden zijn al in de Ordovicium-periode bekend (ongeveer 505 miljoen tot 438 miljoen jaar geleden), maar conodonts hebben hun eerste onbetwiste optreden eerder, in het Late Cambrium (ongeveer 523 miljoen tot 505 miljoen jaar geleden). Argumenten tegen de conodont-polychaete-relatie zijn onder meer het feit dat scolecodonts met de tijd weinig veranderen, terwijl conodonts in de loop van de tijd grote variatie en evolutie vertonen. Scolecodonts zijn samengesteld uit chitine, een resistent, hoornachtig materiaal dat qua samenstelling lijkt op vingernagels. Conodonts bestaan echter uit calciumfosfaat, zoals in de skeletten van gewervelde dieren. Een onbekende groep polychaeten heeft mogelijk structuren van calciumfosfaat kunnen afscheiden, maar de grote verschillen in groei tussen conodonten en polychaete kaken vormen een overtuigend argument tegen de polychaete-hypothese.
