In de 16e eeuw werd Willem I, prins van Oranje, leider van de Nederlandse onafhankelijkheidsbeweging tegen Spanje. Gebaseerd op de armen van zijn voorouderlijk gebied van Oranje, gebruikte William kleurstellingen van oranje, wit en blauw. Bij het beleg van Leiden in 1574 droegen soldaten die kleuren op hun uniformen, en de populariteit van de kleuren onder de Nederlandse nationalisten verspreidde zich vervolgens. De provincie Zeeland had vergelijkbare kleuren: de vlag toonde een rode leeuw die uit blauwe en witte strepen kwam en de zee voorstelde. De Nederlandse vlag op zee na 1577 was een oranje-wit-blauwe horizontale driekleur, hoewel deze nooit officieel werd aangenomen. Evenzo is er nooit enige officiële erkenning gegeven aan de vervanging van de sinaasappel door rood, een transformatie voltooid door 1660. Het was een geschikt moment om oranje van de vlag weg te laten, want in 1654 werd een verdedigingsverdrag tussen de Nederlanders en de Engelsen definitief uitgesloten leden van het huis van Oranje als staatshoofden in Nederland. (In de 20e eeuw ondersteunden veel rechtse Nederlanders oranje-wit-blauw als de 'authentieke vlag' van Nederland, maar de nationale vlag werd niet gewijzigd.)
Na hun revolutie in 1789 erkenden de Fransen rood, wit en blauw als de "kleuren van vrijheid" en eerden Nederland omdat ze deze voor het eerst in een vlag hadden gebruikt (zie Frankrijk, vlag van). Pro-Franse “patriotten” in Nederland zetten de eerste stap met betrekking tot een officiële Nederlandse nationale vlag toen hun Bataafse Republiek op 14 februari 1796 de rood-wit-blauwe driekleur legaliseerde. Toen Napoleons broer, Louis, heerser werd van het Koninkrijk Holland in 1806, werd er geen wijziging aangebracht in de nationale vlag. Nederland werd van 1810 tot 1813 door Frankrijk geannexeerd, maar nadat de onafhankelijkheid was herwonnen, herkende het nieuwe Koninkrijk der Nederlanden opnieuw de rood-wit-blauwe vlag. De vlag, voor het laatst herbevestigd bij koninklijk besluit op 19 februari 1937, heeft het gebruik van dezelfde kleuren in de nationale vlaggen van andere landen geïnspireerd. Ondanks de visuele gelijkenis tussen de Nederlandse vlag en de vlag van Luxemburg, is er geen gedocumenteerde relatie tussen de twee ontwerpen.
