Hoewel er secessionistische bewegingen waren in Panama toen het in de 19e eeuw deel uitmaakte van Colombia, was er geen erkende Panamese vlag. In 1903, toen de senaat van Colombia het voorgestelde verdrag met de Verenigde Staten verwierp dat zou hebben voorzien in de aanleg van een Panamakanaal, hielpen de Amerikanen de Panamese onafhankelijkheidsbeweging en werd de Republiek Panama gevormd.
Aanvankelijk werd een vlagontwerp voorgesteld dat gebruik maakte van de kleuren van de Colombiaanse vlag. Het bestond uit gelijke horizontale strepen van rood en geel met een blauw kanton met twee aan elkaar gekoppelde gele zonnen, wat de verbinding van de twee helften van de planeet door het toekomstige Panamakanaal symboliseert. Het uiteindelijk gekozen vlagontwerp werd officieel op 4 juli 1904; het was driemaandelijks verdeeld met twee sterren. De toegeschreven symboliek was de afwisseling van de twee belangrijkste politieke partijen in de regering (oorspronkelijk was rood voor de liberalen, blauw voor de conservatieven en wit voor vrede tussen hen), hoewel de kleuren en sterren duidelijk hintten op de invloed van de vlag van de Verenigde Staten. De Panamese vlag is ontworpen door Manuel E. Amador, zoon van de eerste president van de nieuwe republiek.
