Betwiste presidentsverkiezingen van 2010
Vanwege het burgerconflict en de nasleep ervan, werden de voor 2005 geplande presidentsverkiezingen de komende jaren herhaaldelijk uitgesteld. Toen de eerste verkiezingsronde eindelijk werd gehouden, op 31 oktober 2010, was Ouattara de RDR-kandidaat. Hij won 32 procent van de stemmen, als tweede achter Gbagbo, die 38 procent won, en de twee gingen door naar een tweede stemronde op 28 november. Op 2 december 2010 verklaarde de kiescommissie van het land dat Ouattara de verkiezingen won met 54 procent van de stemmen, maar de volgende dag haalde de Constitutionele Raad aan dat wat volgens hem het bewijs was van talrijke onregelmatigheden en een deel van de resultaten verdisconteerd. Vervolgens werd Gbagbo met 51 procent van de stemmen tot winnaar uitgeroepen.
Ouattara werd door het grootste deel van de internationale gemeenschap - waaronder de VN, die de eerste resultaten had gecertificeerd - als de rechtmatige winnaar beschouwd en hij kreeg de steun van de rebellen die het noordelijke deel van het land controleerden. Niettemin werd Gbagbo, die de steun kreeg van het leger en de hoogste regeringsniveaus van het land, beëdigd voor een nieuwe termijn als president. Ouattara liet zich intussen beëdigen als president en vormde een parallelle regering, gevestigd in een Abidjan-hotel onder bescherming van de VN-vredesmacht. De politieke impasse veroorzaakte de vrees dat het land opnieuw in een burgeroorlog zou vervallen en de Afrikaanse Unie probeerde te bemiddelen. Desondanks duurde de impasse maandenlang en werd gewelddadig naarmate de gevechten tussen de troepen die loyaal waren aan Gbagbo en degenen die Ouattara steunden, toenamen, waardoor een crisis ontstond met politieke, economische en humanitaire dimensies die bleef hangen, zelfs nadat Gbagbo op 11 april 2011 was gearresteerd, en verwijderd van stroom. (Voor meer informatie, zie Ivoorkust: betwiste verkiezingen van 2010 en langdurige politieke impasse.)
De arrestatie van Gbagbo maakte een einde aan de meest directe uitdaging voor het presidentschap van Ouattara. Ouattara kon toen kijken naar de zware taken van herstel van de economische stabiliteit, verlichting van de humanitaire crisis en hereniging van het land, dat sinds de burgeroorlog van 2002-2003 verdeeld was gebleven. Hij moest ook de verzoening tussen de aanhangers van Gbagbo en die van hemzelf bevorderen. Daartoe riep Ouattara op tot beëindiging van de gevechten en beloofde zij een commissie voor waarheid en verzoening te vormen om criminele handelingen en schendingen van de mensenrechten die door beide partijen zouden zijn begaan, te onderzoeken; later verzocht hij het Internationaal Strafhof om ook onderzoek te doen naar het geweld na de verkiezingen. In mei 2011 heeft de Constitutionele Raad zijn besluit van december 2010 teruggedraaid en Ouattara erkend als de winnaar van de presidentsverkiezingen. Hij werd officieel beëdigd op 6 mei, met een openbare inhuldiging en feest op 21 mei.
Als president kon Ouattara een indrukwekkend economisch herstel voor het land bevorderen, hoewel sommige Ivoirianen klaagden dat de economische vooruitgang niet ver genoeg was gedaald om de armoede te helpen verlichten. Er was ook kritiek dat Ouattara, ondanks zijn eerdere toezeggingen, nog niet genoeg had gedaan om de noodzaak van verzoening en gerechtigheid na de verkiezingscrisis van 2010 aan te pakken. Toch was Ouattara de koploper in de presidentsverkiezingen van 25 oktober 2015. Hoewel sommige oppositiekandidaten zich hadden teruggetrokken uit de verkiezingen en hadden opgeroepen tot een boycot, bleek meer dan 50 procent van de kiezers en werd Ouattara herkozen met bijna 84 procent van de stemmen.
